Con la publicación de la Ley Orgánica Constitucional de Enseñanza y con el objetivo de tramitar  la autonomía universitaria, el 10 de marzo de 1990, la universidad se somete voluntariamente al proceso de acreditación.

El 18 de marzo de 1993, el Consejo Superior de Educación decretó la plena autonomía de la Universidad Diego Portales, basada en el cumplimiento satisfactorio del Proyecto Institucional de la UDP en sus primeros 10 años de funcionamiento, lo que le permitió  otorgar toda clase de títulos y grados académicos en forma independiente.

Consciente de los grandes desafíos en el ámbito de la educación y la excelencia, el 2002 la UDP diseña un plan de crecimiento en infraestructura a largo plazo apoyado en la emisión de un bono securitizado, con el aval del Banco Mundial; y promueve un nuevo modelo formativo, cuya aplicación comenzó el 2003, que consideró la interdisciplinariedad y la libertad del estudiante como sus ejes principales. Esto permitió que la universidad desarrollara un ambicioso plan de infraestructura de primer nivel, expandiendo considerablemente su oferta de pregrado pasando de 13 a 30 carreras.

En 2005, la universidad inicia un esfuerzo sustantivo por mejorar su institucionalidad. Se reestructura su sistema de gobierno corporativo separando las funciones de control de las funciones de gestión; se elabora un estatuto que fija la esfera de competencia de cada uno de sus órganos, los deberes que pesan sobre ellos y el ámbito de su autoridad; y se define el sistema de designación de cargos.